اصطلاح شیمی آلی توسط BERZELIUS معرفی شد و شامل ترکیبات سنتز شده توسط ارگانیسم ها (به عنوان مثال گیاهان) بود. اعتقاد بر این بود که یک نیروی ویژه، “ویتالیس” مورد نیاز است. پس از اینکه WÖHLER در سال 1828 موفق شد ترکیب معدنی آمونیوم سیانات را به ترکیب آلی اوره تبدیل کند، این عقیده غالب شد که ترکیبات آلی نیز می توانند در آزمایشگاه بدون استفاده از ترکیبات آلی استفاده شوند. vis vitalis می تواند تولید کند.
ماده آلی توسط موجودات زنده در متابولیسم تشکیل می شوند، اما به صورت صنعتی نیز تولید می شوند. آنها همیشه حاوی عنصر کربن هستند و تقریباً همه آنها حاوی هیدروژن هستند. تنها چند عنصر دیگر از بیش از صد عنصر جدول تناوبی، مانند اکسیژن، نیتروژن، گوگرد یا فسفر، در تشکیل کلی ترکیبات آلی نقش دارند. امروزه میلیون ها مورد از این مواد آلی شناخته شده است و صنعت و تحقیقات سالانه ده ها هزار ماده جدید را سنتز می کنند. این تعداد عظیم فقط با حدود صد هزار ماده معدنی مطابقت دارد.
اگر نسبت زیادی از آب را نادیده بگیرید، یک انسان تقریباً به طور کامل از مولکول های آلی تشکیل شده است. پروتئین‌هایی که در ساختار هر سلول نقش دارند، از اجزای اصلی سازنده هر موجود زنده روی زمین هستند. کربوهیدرات ها و چربی ها نیز سهم خود را از “بلوک های سازنده” بدن دارند.
در طبیعت هر دو مواد آلی با ساختار بسیار ساده مانند متان را می‌یابیم که در گاز طبیعی وجود دارد و مولکول‌های آن فقط از یک اتم عنصر کربن و چهار اتم عنصر هیدروژن تشکیل شده‌اند.
گلوکز دارای مولکول های پیچیده تری با 24 اتم (کربن، هیدروژن و اکسیژن) است. اما در میان مواد آلی غول‌هایی مانند نشاسته یا پروتئین‌ها نیز وجود دارند که در درشت مولکول‌های آنها هزاران اتم به هم مرتبط هستند.