بسیاری از واکنش های تشخیص توسط یون های دیگر مختل می شوند. برای جدا کردن یون‌های شناسایی شده از مواد مزاحم ایجاد شده است CR FRESENIUS (1818-1897) فرآیند جداسازی کاتیون در قرن 19.

اگر مخلوطی از مواد وجود داشته باشد، گاهی اوقات می توان آن را در موارد ساده جدا کرد و تک تک مواد را شناسایی کرد. به عنوان مثال، در مخلوطی از کلرید سدیم و کربنات کلسیم، به دلیل حلالیت متفاوت آنها در آب، می توان تک تک مواد را شناسایی کرد. یون های سدیم و کلرید را می توان در محلول آبی تشخیص داد. باقیمانده فیلتر شده سپس با تکامل گاز در اسید هیدروکلریک رقیق حل می شود و تشخیص دی اکسید کربن به عنوان گاز و یون های کلسیم در محلول اسید کلریدریک از طریق رنگ شعله مثبت است.

با این حال، در مورد مخلوطی از مواد بسیار مشابه، تشخیص اجزاء می تواند دشوار باشد. برای مثال، اگر نمک‌های کلرید سدیم و برومید پتاسیم در یک مخلوط پودری ریز وجود داشته باشند، دیگر شکل کریستالی مشخصه قابل تشخیص نیست. پس از حل شدن در آب، می توان یون های سدیم، پتاسیم، کلرید و برمید را با واکنش های مشخصه تشخیص داد، اما نمی توان گفت که آیا آنها کلرید سدیم و برومید پتاسیم بودند یا برومید سدیم و کلرید پتاسیم.
مخلوط های مورد تجزیه و تحلیل اغلب بسیار پیچیده تر هستند. پس از آن فقط می توان در تجزیه و تحلیل فهمید که کدام عناصر یا یون ها در آن قرار دارند.